批准文号不同

药品的批准文号为“国药准字”，包装盒有OTC标志，例如达霏欣®米诺地尔搽剂的批准文号为国药准字H20090334；化妆品批准文号为“卫妆字”，国产化妆品以G开头，进口化妆品以J开头，包装盒有文字标识。

功效不同

作为药品，其有严格的适应症，旨在用于疾病的治疗和预防；而妆类正如其名，其只具有清洁、消除不良气味、护肤、美容和修饰目的的日用化学品，并不能用于疾病的治疗和预防。

审批原则不同

药品必须经严格人体实验研究，才能获CFDA批准；而妆类产品只需要符合相关卫生标准，即可获准。

生产管理不同

制药企业的《药品生产质量管理规范》（GMP）为国家强制标准，制药企业必须执行；妆类产品自行制定的生产质量管理规范，非强制性。

销售管理不同

药品严格按《药品经营质量管理规范》（GSP）要求销售，一旦有问题可追溯到每盒药品的销售终端；而妆类产品像普通日化类一样销售管理比较容易混乱，不易追溯，易出现假冒现象 。